Ashman программа узнает об изменениях при очередном сканировании. А так же при входе в конкретную папку она делает быстрое внеочередное сканирование этой папки. Поэтому да, неизбежно есть задержка между удалением сторонними средствами и моментом, когда программа обнаружит это удаление. К сожалению, просто не существует способов подобной задержки избежать.
Поэтому, самый безопасный вариант - НЕ КОМБИНИРОВАТЬ удаление дубликатов в программе и вне программы. Либо удаляйте только программой (это кстати, очень удобно, не менее удобно чем в проводнике), либо только проводником. Но избегайте делать это там и там одновременно.
