При добавлении новой папки архива в “Управлении расположения архива” удаляются все имеющиеся и остается только вновь добавленная.
Будьте осторожны, пока непонятно что происходит, не добавляйте новые папки.
Если вернуть прежнюю папку в список архива, её заново начинает сканировать как вновь добавленную.