Тут в вопросе две части:
1) Почему не добавляется папка в архив автоматом - так задумано. Вы вполне можете захотеть перенести фотки куда-то еще кроме вашего архива. Если будете переносить внутрь уже подключенной папки, то сканирование запустится автоматом, ничего не надо будет делать. Но если переносите за пределы, то программа не в курсе, хотите ли вы эту папку добавлять или нет, и поэтому ничего не делает, а ждет явной
команды от вас. Так что это корректное поведение.
2) Избегать повторного индексирования. Да, на данный момент всё еще требуется повторное индексирование, что неудобно, так как занимает какое-то время, хотя вопрос уже обсуждается некоторое время, например тут. Тем не менее, функция переноса развивается - недавно добавился автоматический перенос данных ini-файлов, добавилась функция переноса с раскладыванием по папкам. Но есть еще куда улучшать, это несомненно. Работаем 🙂