Андрей очень интересно, прямо фантастика какая-то. Tonfotos считает контрольную сумму каждого файла, поэтому не может такого быть, чтобы он два совсем разных файла счёл дублями. Такое впечатление, что у вас там совсем какая-то черная магия происходит. Причем обратите внимание, Tonfotos не смог проиндексировать эти файлы и показывает их как сломанные, хотя TIFF поддерживается программой.
Моя текущая гипотеза в том, что это на самом деле не настоящие файлы, а, например, ссылки или ярлыки, хотя расширение имеют как нормальный файл. Последний скришот откуда? Из фотошопа? А можете чем-то еще посмотреть на эти файлы? Например хотя бы “Информацию о файле” в эксплорере? И еще, панель информации Tonfotos очень сильно обрезана, совсем не видно, как Tonfotos видит эти файлы. Можете посмотреть, какой размер у этих файлов видит Tonfotos?