Pims Блин, ну чудеса какие-то, барабашка видимо завелся.
Конкретные координаты не покажете для примера, чтобы понимать где именно минус возник?
Если принудительно переиндексировать несколько файлов из тех (правильных и нет), что произойдет? (чтобы понять, ошибка только в базе или в самом файле тоже)