Думаю все согласятся, что текущий метод - выкачиваем все чаты, а пользователь по одному удаляет ненужные - не очень дружелюбен.
Предлагаю сделать наоборот, при первом запуске синхронизации с телегой даем список, где галочками отмечаем наблюдаемые чаты. Это сократит и время синхронизации и упростит понимание логики выбора откуда качает прога, а откуда - нет.
При появлении нового чата при следующей синхронизации выдаем тот же список и подсвечиваем новые с вопросом синхронизировать или нет.