Kronos сожалею, что случилась такая беда. Очевидно, программа сама по себе не удаляет ничего, если ее об этом явно не попросить, но мы не можем отвечать за то, как работают сторонние программы, которые обеспечивают синхронизацию с облаком. В частности, на этом форуме есть пользователь программы Диск.О, который уже тоже успел столкнуться с массой проблем при переносе файлов, можете поискать. Мы с ним уже вместе обращались в поддержку mail.ru, предоставляли им алгоритм воспроизведения проблемы, но ничего из этого не вышло пока.
Скажите, а вы случайно не Диск.О тоже пользуетесь?