Vlbee Программе очень важно поддерживать в актуальном состоянии индекс, чтобы он соответствовал положению дел в файловой системе. Если делать это с задержкой, то это может приводить к массе разных неприятных эффектов, в том числе к непредумышленному удалению данных, когда вы, например, удаляете свой файл, думая что он дубль другого, а того другого уже давно нет.
Поэтому в программу встроено много разных триггеров, при которых идет проверка актуальности. Смена текущей папки - один из них. Как только вы переходите к другой папке на диске - она проверят, не было ли в ней изменений. Однако, проверяется именно одна папка, без подпапок, так что вы обычно не должны успевать заметить что вообще что-то проверяется, так как даже строка состояния внизу не должна успеть обновиться, она обновляется раз в 200 миллисекунд, а проверка проходит быстрее.
То, что наблюдаете вы, скорее всего, вызвано чем-то еще. Если изменений нет, то и мельканий никаких не должно быть на экране. Думаю, тут дело не только в Tonfotos, кто-то еще параллельно трогает ваши файлы. Скажите, это не облачная ли случайно папка?