При перенос в основной архив, появляется диалог - файл уже есть в целевой папке.
При выборе “заменить” - файл который лежал в целевой папке удаляется и его вхождение в альбом не сохраняется. Если выбрать удалить (а у файла который перемещали, так же был альбом), то он то же не сохраняется а удаляется.
Предлагаю в случае замены или удаления оставшийся файл в целевой папке присваивать обоим возможным альбомам.
Про теги не в курсе, скорее всего файлы будут разными 🙂