Предлагаю отображать пользователям историю системных сообщений программы. Например добавить иконку колокольчика где-нибудь в углу, как в этом форуме, с индикацией непрочтённых сообщений.
Сейчас сообщение от программы не ожидает, когда пользователь подтвердит его прочтение кликом мышкой на него, а исчезает после нескольких секунд после повления. Если ты отошёл на 5 минут, то уже и не узнаешь, что ПО тебе хотело сообщить).
Допускаю, что эта история где-то есть, а я просто не нашёл.