FoksSerg судя по описанным выше симптомам, папок уже нет в программе. И файлов тоже не должно быть, но они почему-то “подвисли”, а не удалились. Из основной навигации их уже не найти (нет больше этих папок в базе), поэтому и пересканированием они тоже не удалятся. Но по каким-то косвенным методам, всё еще можно (по альбомам, например).
Возможно, это правда остатки каких-то давно исправленных ошибок в программе, но в базе еще остались. Подумаю, как можно их будет удалить без хирургических вмешательств.