Я когда дубли чистил, добавил подпапки, как отдельные архивы. Отсканировал фотки без лиц. Удалил дубли, удалил подпапки из архива и добавил единым архивом уже со сканированием лиц. Быстро сканируется и удаляются толпами.
Единственно, рекомендую, базовый архив оставить где-нибудь на постоянное хранение, мало ли что 🙂