Андрей если нужны логи (если они конечно что-то покажут), то могу поделится.
Попробую тогда 3 вещи:
1) Полностью удалить папку и после повторно переиндексировать
2) Попробовать посмотреть на другом компе повторяется ли ситуация вобще
3) Скопировать и проиндексировать эту папку на другом компе.
Отпишусь о результатах.