Roman добрый день. Боюсь, у вас сложилось неверное представление о том, как работает функция дубликатов. Программа не смотрит ни на имя, ни на расширение. Только на содержимое. И считает файлы дубликатами, только если содержимое полностью совпадает. Поэтому в вашем случае файлы mp4 и mov абсолютно одинаковы по качеству, и нет никакого смысла один предпочитать другому.
Кроме того, показывает в альбоме одну копию только в том случае, когда есть понимание, что можно удалить автоматом, а что нет, например, когда они являются копиями файлов, хранящихся в основном архиве, например. В случаях, когда все эти файлы в разных папках внутри одного архива, программа сама не может решить какой удалять и какой оставлять, и добавляет в альбом все.
Выбрать какой из файлов удалить (по какому пути оставить) очень легко. В панели информации о файле есть список всех дубликатов, там вы можете в один клик скакать между всеми папками, где он лежит, и через контекстное меню удалить все остальные кроме текущего. Это полный аналог ваших галочек, только удобнее.