mangofman терабайт - это не так уж и много. Довольно типичный размер архива. Посмотреть количество файлов можно в диалоге “расположение архива”, выбрав нужную папку.
Если мое предположение верно, и программа просто не может переварить столько дубликатов, то мое предложение такое - обрабатывать архив по частям. Либо сейчас временно исключить какие-то папки (правой кнопкой на папку в левой панели навигации), либо вместо корневой папки подключать ее подпапку (но это менее предпочтительный способ, на мой взгляд). И тогда удалять дубли сначала в уже подключенных папках, а затем снова возвращать понемногу исключенные папки, и снова чистить. Вернуть папку можно через всё тот же “Расположение архива”, там список исключенных папок появится.